مسجد مشیرالسلطنه اگرچه دارای معماری ساده ایرانی است که عناصری همچون طاق‌های ضربی، مقرنس‌کاری، کاشی‌کاری و... در آن دیده می‌شود؛ اما علاوه بر اینها، ویژگی منحصر به فردی را در خود جای داده که آن را را از دیگر مساجد متمایز می‌کند و آن هم قرار گرفتن یکی از قدیمی‌ترین ساعت‌های واردشده به ایران، در این مسجد است. در تهران آن ایام، ساعت‌های کمی وجود داشته است که از جمله این ساعت‌های قدیمی می‌توان به ساعت بنای شمس‌العماره، ساعت مسجد جامع و همین ساعت مسجد مشیرالسلطنه اشاره کرد. در حال حاضر مشخص نیست که کدام یک از این ساعت‌ها قدیمی‌ترین ساعت تهران است، اما به طور یقین، این ساعت جزو اولین ساعت‌هایی است که به ایران آورده شده است. قدمت این ساعت احتمالا به حدود ۱۱۰ سال پیش بازمی‌گردد و احتمالا تا سال‌های حدود ۱۳۳۰ تا ۱۳۳۵ نیز کار می‌کرده است.

ویژگی دیگر این مسجد درختان قدیمی آن است است که هنوز تعدادی از آن‌ها در حیاط مسجد به چشم می‌خورند. از آنجا که معمولا مردم ایران در گذشته سعی می‌کردند، زندگی هماهنگی با طبیعت داشته باشند، در سمت شرقی مساجد درختان پاییزی و در سمت غربی، درختانی مقاوم‌تر می‌کاشتند؛ همچنین طلبه‌ها در نزدیکی حجره‌هایشان درختانی را می‌کاشتند که در تابستان برگ‌هایشان جلو ورود نور مستقیم آفتاب به درون حجره را بگیرد و در زمستان با ریختن برگ‌های این درختان، بتوانند از آفتاب زمستانی استفاده کنند.

مسجد مشیرالسلطنه هنوز پابرجاست و اهالی محل برای نماز و انجام مراسم مذهبی به آنجا مراجعه می‌کنند، اما دیگر خبری از مدرسه نیست و حجره‌های این مسجد قدیمی تبدیل به انباری‌هایی پر از وسایل بدون کاربرد و مستعمل شده‌اند. لازم به ذکر است، واقف این مسجد و مدرسهٔ علمیه آن را مسجدالاقصی نامیده است. البته در زبان عموم مردم و همچنین رسانه‌ها اغلب آن را با نام واقفش، مسجد مشیرالسلطنه، می‌شناسند. همچنین به دلیل وجود ساعت قدیمی مسجد بالای ستون کنار خیابان، مردم ساکن محله‌های اطراف، آن را مسجد ساعت نیز می‌خوانند.