آخرین خبر/ از شیخ عارف کامل کتاب‌های فراوانی برجا مانده که برخی از آنها چاپ شده و بعضی دیگر هنوز به چاپ نرسیده است. در این میان، بعضی از رساله‎ ها و کتاب‌های چاپ نشده ایشان، پس از رحلت استاد در اختیار امام خمینی قرار داشت که در سال ۱۳۴۳ ش. در حمله ساواک به کتابخانه و منزل حضرت امام در قم همراه آثاری از امام راحل ربوده شد.

از جمله آثار آیت الله شاه‌آبادی بدین شرح است:
شذرات المعارف: نام دیگر این کتاب «حرام الاسلام» است و در ایران چند بار به چاپ رسیده است. این کتاب در دو جلد جیبی و درباره مطالب اخلاقی و مبارزه با تهاجم فرهنگی است.
رشحات البحار: به زبان عربی و شامل ۳ بخش است: الف: القرآن و العتره. ب: الایمان و الرجعه. ج: الانسان و الفطره.
مفتاح السعاده فی احکام العباده (توضیح المسائل).
حاشیه بر نجاة العباد: چنان که از نام آن برمی ‎آید شامل حاشیه ‎هایی است که ایشان بر کتاب «نجاة العباد» استاد بزرگ شیخ محمدحسن نجفی صاحب «جواهر» نوشته است.
منازل السالکین: موضوع این کتاب اخلاق است که در هزار منزل تنظیم شده است.
حاشیه بر «کفایة الاصول» آخوند خراسانی
حاشیه فصول الاصول
رساله‌ العقل و الجهل
تفسیری مشتمل بر توحید، اخلاق و سیر و سلوک
چهار رساله درباره نبوت عامه و خاصه و تعدادی کتب و رساله دیگر.[۴]