محسن محمدی فشارکی و فاطمه قیومیان محمدی در مقاله خود با عنوان «ناگفته‌هایی درباره آثار فارسی منسوب به شیخ بهایی» که در پانزدهمین شماره مجله متن‌شناسی ادب فارسی، در پاییز سال ۱۳۹۱، منتشر شده، با بیان این‌که انتساب آثار به شیخ بهایی شاید بیش از هر عالم و نویسنده‌ای در تاریخ این مرز و بوم افتاده است نوشته‌اند:  در این‌که تألیفات متعددی از زبان عربی و نیز آثاری به زبان فارسی از او به جا مانده، تردیدی نیست اما در طی گذشت زمان آثار دیگری هم به اشتباه به او منسوب شده‌اند. از جمله «طوطی‌نامه»، «نان و پنیر»، «نان و خرما»، «مثنوی شیخ ابوالپشم»، «منظومه در تعبیر رویا»، «مثنوی رموز اسم اعظم» و «رساله منثور اهل دانش و هوش به زبان گربه و موش».

«طوطی‌نامه» یکی از آثار منسوب به شیخ بهایی، مثنوی بی‌نام و نشانی است که در هیچ یک از منابع و احوال و آثار بهایی، از میانه عصر صفوی تا تاریخ کتابت نسخه این منظومه، نامی از آن در میان نیست. در تأیید انتساب این اثر به شیخ بهایی هیچ مدرک و سند معتبری در دست نیست جز این‌که چندبار به نام او چاپ شده است.

نفیسی در کتاب احوال و اشعار شیخ بهایی، از این که این نسخه نادر را به واسطه دوست ادیب و شاعر خود، یحیی ریحان، یافته اظهار خرسندی کرده است و از آن‌جا که نامش معلوم نبوده آن را به طور موقت «طوطی‌نامه» نامیده است. علی آل‌داوود در سال ۱۳۷۸ در مقاله‌ای با عنوان «طوطی‌نامه منسوب به شیخ بهایی، تصحیح یک اشتباه» پرده از حقیقت این مثنوی برداشت. به گفته او طوطی‌نامه پاره‌ای از مثنوی «طاقدیس» ملا احمد نراقی است.

مثنوی «نان و پنیر» نیز بارها به نام شیخ بهایی به چاپ رسیده و به نام او معروف است اما با دقت در محتوای این اثر می‌توان گفت، نمی‌تواند چکیده قلم شیخ بهایی باشد.

«نان و خرما» نیز مثنوی بلندی است با مضمون پندو اندرز که شاعر شیعی آن را به پیروی از «نان و حلوا»ی شیخ بهایی در بیان سوانح سفر حجاز سرده است. این مثنوی اگرچه بسیار طولانی‌تر از نان و حلوا است، ولی از جهت ساختار و مضمون، نزدیکی بسیاری با نان و حلوای شیخ بهایی دارد. به طوری که می‌توان گفت تقلید مستقیمی است از مثنوی شیخ بهایی، هرچند بیان آن در شیوایی و سادگی به پای کلام شیخ در «نان و حلوا» نمی‌رسد.

«شیخ ابوالپشم» منظومه‌ای است در ۷۷ بیت با زبانی عامیانه و ساده؛ ماجرای شیخ شکم‌پرست و بی‌چیزی که برای خوردن کیپا، پوستین خود را به گرو می‌گذارد و شب‌هنگام از شدت سرما به خواب نمی‌رود و به یاد پوستین خود می‌افتد. در کتاب «از گذشتگان ادبی  ایران» زرین‌کوب نام این مثنوی کوتاه را در کنار «نان و حلوا» و «شیر  و شکر»، «طوطی‌نامه» و «موش و گربه» به نام مثنوی‌های شیخ بهایی آورده است.

 تقریبا هیچ دلیل و سند معتبری بر صحت انتساب این مثنوی به شیخ بهایی در دست نیست. اگر این اثر را شیخ بهایی سروده بود، بی‌گمان در تذکره‌ها و کتب احوال علمای آن عصر ابیاتی ثبت شده بود و یا این‌که حداقل نامی از آن در جایی مضبوط بود.  بعید به نظر می‌رسد که این اثر از شیخ بهایی باشد و در آن زمان که میل و توجه مردم از خاص و عام به سوی ادبیات و داستان‌های عامیانه جلب شده بود، مورد توجه قرار نگرفته و گمنام مانده باشد. آن‌هم در حالی که سراینده آن نامداری چون شیخ بهایی باشد.

منظومه «تعبیر رویا» نیز در هیچ یک از منابع نسخه‌ای ثبت نشده است. در مورد انتساب این اثر به شیخ بهایی باید گفت جز اشاره سقازاده واعظ در کتاب سرالمستتر به این‌که این مثنوی را شیخ بهایی ساخته، سند دیگری در دست نیست با این وجود دلیل محکمی هم وجود ندارد که با اتکا به آن بتوان انتساب این منظومه را به شیخ بهایی رد کرد. از طرف دیگر با توجه به علاقه شیح به موضوعات این‌چنینی که از فحوای کشکول روشن می‌شود، به نظر می‌رسد، منظوم ساختن تعبیر خواب ابن‌ سیرین از او بعید نباشد. آنچه در انتساب این منظومه به شیخ تاحدی می‌تواند تردید ایجاد کند، مشکلات وزن و قافیه و ابهام در معنای پاره‌ای از ابیات و همچنین آشفتگی محتوایی ابیات است.

«مثنوی رموز اسم اعظم» نیز در هیچ یک از فهرست‌ها دیده نشد. تنها نسخه‌ای از رساله‌ای کوتاه و منظوم در خواص حروف موجود است که به شیخ بهایی منسوب شده است. ابیات آغاز و انجام این رساله که در کتاب‌شناسی شیخ بهایی ذکر شده، نزدیکی بسیاری با سیاق رموز اسم اعظم دارد. غلامحسین جواهری ذکر می‌کند در برخی نسخ به نام «عیانی» آمده است البته او متذکر شده این مثنوی با سبک عمومی مثنوی‌های شیخ تناسب ندارد. با این‌که در سه جای مثنوی تخلص بهایی آمده است، نمی‌توان انتساب آن را به شیخ بهایی مسلم دانست. البته قراین نشان می‌دهد که شیخ بهایی گاه برای رفع ملال و سرگرمی، لغز و معما می‌ساخته و به این نوع مسائل و مطالب بی‌اعتنا نبوده است بنابراین نمی‌توان انتساب این اثر را  به طور کلی رد کرد.

 «پند اهل دانش و هوش به زبان گربه و موش» نیز رساله‌ای است مشتمل بر مناظره‌ای نمادین میان گربه و موش که در این اثر گربه نماد عقل و نماینده طالبان علم و موش نماد نفس اماره و نماینده صوفیان است؛ گربه و موش روبه‌روی هم قرار می‌گیرند و پس از مناظره بسیار، گربه موش را که دائم در پی راه فراری است، فریب داده و به چنگ می‌آورد و می‌خورد.

تمیم‌داری در کتاب عرفان و ادب در عصر صفوی، موش و گربه شیخ بهایی را تقلیدی از موش و گربه عبید زاکانی دانسته است. اما در مورد صحت انتساب به شیخ بهایی تردید است. در حالی که عده‌ای به یقین آن را از شیخ بهاء‌الدین عاملی می‌دانند و برای اثبات این  انتساب همین را کافی می‌دانند که در مقدمه این اثر اسم شیخ به صراحت آمده است. اما یکی از دلایلی که برای رد انتساب این اثر به شیخ مطرح شده است این است که مضمون اثر در نکوهش صوفیه و تصوف است ولی چنانچه از اشعار شیخ پیداست، شیخ بهایی نسبت به تصوف و صوفیه بی میل نبوده است.