علاوه بر به هم خوردن تعادل مایکروبیوم‌های روده نشان داده که می‌تواند سبب بیماری‌های متابولیکی مانند چاقی باشد. مایکروبیوم‌های روده از طریق چندین مسیر مختلف مانند فاکتورهای اپی ژنتیک، متابولیسم اسیدهای صفراوی و تغییرات بر روی سیگنال‌های متابولیکی بر روی متابولیسم میزبان و چاقی تاثیر می‌گذارند که از جمله آن می‌توان به سد روده، از طریق تولید متابولیت‌هایی که بر روی حس سیری و مقاومت به انسولین ایجاد می‌کند، اشاره کرد. در حالی‌که مسأله تأثیر مایکروبیوم‌های روده بر روی چاقی یک مسأله جدید و رو به پیشرفت است ولی یک سری اهداف درمانی جدید را در اختیار قرار می‌دهد که تغییر مایکروبیوم‌های روده می‌تواند باعث حفظ سلامتی و پیشگیری و درمان چاقی شود.

«Dysbiosis» پدیده‌ای است که در اثر آن تعادل میان جمعیت مایکروبیوم‌های روده در اثر ابتلا به بیماری‌ها برهم می‌خورد. این پدیده می‌تواند عملکرد سد روده و بافت لنفوئیدی روده را به‌وسیله اجازه دادن به عبور محتویات ساختاری باکتری‌ها مانند لیپوپلی ساکاریدها مختل کند که این امر سبب فعال کردن مسیر التهاب شده و از این طریق سبب ایجاد مقاومت به انسولین می‌شود.همچنین می‌تواند تولید پپتیدهای روده‌ای مرتبط با حس سیری را که سبب افزایش دریافت غذا می‌شوند تغییر دهد.

امروزه چاقی یکی از مهم‌ترین مشکلات سلامتی در انسان‌هاست. مطالعات اخیر طی سال‌های گذشته نشان داده‌اند که عدم تعادل میان دریافت غذا و مصرف انرژی، سبک زندگی ناسالم و تنوع ژنتیکی در پیشرفت چاقی نقش دارند. شواهدی از ارتباط میان باکتری‌های روده و چاقی در کودکان و بزرگسالان وجود دارد. مایکروبیوم‌های روده هر انسان به طرز جالبی مانند اثر انگشت آن شخص منحصر به فرد بوده و تحت تأثیر عوامل محیطی و ژنتیکی تعیین می‌شوند. چندین مطالعه در سال‌های اخیر نشان داده‌اند که مایکروبیوم‌های روده بر روی بسیاری از مسیرهای پاتوفیزیولوژیکی خارج روده‌ای تأثیر می‌گذارند. یکی از نگرانی‌های عمده بهداشت عمومی در سرتاسر دنیا مربوط به چاقی کودکان است چراکه شیوع چاقی در کودکان در حال افزایش نگران کننده‌ای است.

در یک مطالعه آینده نگر که بر روی ترکیبات مایکروبیوم مدفوع در کودکان ۵-۱۲ ساله میان ۲۵ کودک چاق و دارای اضافه وزن و ۲۴ کودک با وزن نرمال انجام شد، مشخص شد در کودکان با وزن نرمال تعداد بیفیدوباکترها در طول دوران کودکی در سطح بالاتری نسبت به کودکان دارای اضافه وزن قرار دارد.

مایکروبیوم‌های روده می‌توانند نشاسته، قندهای هضم نشده، پلی ساکاریدهای سلولزی و غیرسلولزی و موسین‌ها را به SCFA ها و گاز در روده تبدیل کنند. نوع و مقدار تولید SCFA و گازهای تولید شده در روده به چندین عامل از جمله رژیم غذایی برای مثال دسترسی به کربوهیدرات‌های غیرقابل هضم، جمعیت مایکروبیوم روده و زمان انتقال روده‌ای بستگی دارد.

بسیاری از مطالعات نشان داده‌اند که پروبیوتیک‌ها به تنهایی و یا به‌صورت ترکیبی سین بیوتیک می‌توانند تاثیرات ضد چاقی داشته باشند. مایکروبیوم‌های روده ترکیبی از پروبیوتیک‌ها، پره‌بیوتیک‌ها و جمعیتی از دیگر باکتری‌های روده است، اما اثرات سلامتی مایکروبیوم‌های روده در اثر تغییرات در باکتری‌های زنده ( پروبیوتیک) و یا ترکیات هضم نشده (پره بیوتیک‌ها) است. پروبیوتیک‌ها در صورتی که به مقدار کافی مصرف شوند می‌توانند بر روی سلامتی میزبان تاثیر بگذارند. پروبیوتیک‌ها عمدتا در محصولات تخمیری شیر مانند کفیر یافت می‌شوند. دریافت خوراکی پروبیوتیک‌ها می‌تواند بر روی مایکروبیوم‌های روده تاثیر گذاشته و تولید سیتوکین‌ها و کموکاین‌های متفاوتی را سبب شوند.

به نقل از دفتر بهبود تغذیه وزارت بهداشت، در ادامه توصیه می‌شود مطالعات بیشتری به‌صورت مطالعات بالینی تصادفی برای بررسی تاثیرات پروبیوتیک‌ها بر روی چاقی انجام گیرد.