هم میهن/ محمدی‌ری‌شهری از یک طرف سرپرست حجاج ایرانی بود و از جانب دیگر متولی حرم حضرت عبدالعظیم و ذیل آن پژوهشگاه حدیث هم راه انداخته بود و در چند عرصه بزرگ فعالیت می‌کرد که ناگهان سر و کله محمود احمدی‌نژاد پیدا شد و شرح اصطکاکات خود با دولت او را در جلد پنجم خاطرات خود آورده است.

اصل داستان تصمیم دولت احمدی‌نژاد بر ادغام سازمان حج در سازمان میراث فرهنگی بود که ریاست آن را اسفندیار رحیم‌مشایی بر عهده داشت.

احمدی‌نژاد وقتی از عهده برکناری و تغییر فرد برنمی‌آمد کل ساختار را برمی‌چید تا شخص را بلاموضوع کند (کاری که بوریس یلتسین با گورباچف کرد. یلتیسن، رئیس‌جمهوری فدراسیون روسیه بود و بعد از شکست کودتا با چند جمهوری توافق کرد که دیگر متحد نباشند و وقتی اتحادی در کار نبود گورباچف دیگر موضوعیت نداشت چون او صدر هیئت رئیسه اتحاد شوروی بود و بدون اتحاد بلاموضوع می‌شد!)

ادغام سازمان حج در میراث فرهنگی را بی‌اطلاع ری‌شهری در دولت تصویب کردند: «در تماس تلفنی با آقای حجازی ماجرا را پرسیدم. اظهار داشت: سه‌شنبه هفته قبل در جلسه شورای اداری به ریاست دکتر داوودی، معاون اول ادغام این دو سازمان به تصویب رسیده ولی به دلیل مخالفت رهبری قرار شد مصوبه اعلام نشود اما آقای احمدی‌نژاد دستور داد اعلام شود.»

نامه یا پیام رهبری اگرچه با قید «آنی» برای رئیس‌جمهوری ارسال شده بود اما رحیم‌مشایی طی حکمی علی لیالی را به ریاست سازمان حج منصوب کرد. ری‌شهری می‌نویسد: «همان شب مجدداً در این باره با آقای حجازی صحبت کردم. ایشان گفتند مقام معظم رهبری خودشان برای آقای احمدی‌نژاد نوشته‌اند این کار غلط را متوقف کنید. ص ۷۵۹ جلد پنجم خاطرات.»

با این حال متوقف نمی‌شود و ری‌شهری در سه صفحه بعد می‌نویسد: «از آقای حجازی دربارۀ چرایی اقدام احمدی‌نژاد پرسیدم و گفتند: گویی مشایی او را سحر کرده و همۀ دوستانش هم از او ناراحت‌اند و نمی‌دانیم چرا این‌طور می‌کند.»

هرچند الحاق سازمان حج به میراث فرهنگی منتفی می‌شود اما رئیس سازمان را دولت منصوب می‌کند و این بار رئیس جدید بدون جلب نظر محمدی‌ری‌شهری منصوب شد که نمایندگی رهبری را برعهده داشت.

سازمان حج مثل سازمان اوقاف دستگاه‌هایی اجرایی‌اند. در سازمان حج رهبری نماینده دارد و در اوقاف رئیس با نظر رهبری منصوب می‌شود ولی هر دو دستگاهی دولتی‌اند و مبنای استدلال نمایندگان مجلس فعلی در تحقیق و تفحص‌ها هم این است که اجرایی‌اند هرچند اصرار دارند به رهبری هم منتسب شوند تا در نظر افکار عمومی نهادهایی خارج از دولت در نظر آیند.

آشکار بود که به ری‌شهری برخورده. برای او که در دوران وزارت هم مستقیماً با امام در ارتباط بود و بعدتر حتی زیر بار محمد یزدی نرفت ثقیل بود که به امر و نهی احمدی‌نژاد گوش کند چه رسد به رحیم‌مشایی و تصمیم گرفت فعالیت خود را بیشتر در تولیت حرم حضرت عبدالعظیم متمرکز کند ولی شرایط سیاسی بعد از ۱۳۸۸ فضا را در آنجا هم بر او تنگ کرد و دولت احمدی‌نژاد احساس کرد حالا می‌تواند فشار بیاورد:‌«در حج بودم. تپش قلب و دست درد داشتم. آقای محمد شریعتمداری از تهران تماس گرفت و راجع به مسائل اقتصادی آستان حضرت عبدالعظیم مطالبی را بیان داشت. با توجه به دستور دولت به بانک‌ها مبنی بر اینکه با معاونت اقتصادی آستان همکاری نکنند، ما تصمیم گرفته بودیم این بخش را به‌طور کامل در اختیار ستاد اجرایی فرمان امام قرار دهیم اما با آنها نیز به مشکل خورده بودیم. ایشان گزارشی به من داد و بر شدت بیماری من افزود.»(ص ۷۸۵) شرایط کشور در سال ۱۳۸۸ به شدت ملتهب بود و درست است که در دهه ۶۰ و دوران وزارت اطلاعات ری‌شهری مستقیم با امام خمینی ارتباط داشت اما به هر رو وزیر دولتی بود که ریاست آن را میرحسین موسوی نخست‌وزیر بر عهده داشت و می‌خواست نقشی ایفا کند. در صفحه ۸۰۵ می‌نویسد: «در گزارش به مقام معظم رهبری درباره حج گفتم: اگرچه من همیشه شما را دعا می‌کنم لیکن در عمره و رمضان و حی که گذشت دعای مخصوصی داشتم و آن هم اینکه با توجه به اهمیت تصمیمات جنابعالی در سرنوشت انقلاب و کشور از خدا خواستم ذهن شما را به آنچه صلاح و مردم و کشور است، هدایت کند..... دیدگاه من این است که اگر کسی حتی ده درصد با نظام و رهبری است باید تلاش کنیم این درصد رو به افزایش گذارد نه اینکه بگوییم چون ۹۰ درصد مخالفی کاری می‌کنیم که مخالفت تو ۱۰۰ درصد شود. نباید فاصله‌ها زیاد شود.»

دو صفحه بعد به استعفا از مسوولیت حج می‌رسد: «استخاره کردم بد آمد.» به‌خاطر این استخاره و باور بسیار که به استخاره داشت، منصرف می‌شود اما در پی دیدار با رهبری استعفا صورت می‌پذیرد: «فرمودند به نظر می‌رسد حج برای شما تکراری شده چون هفده هجده بار است مشرف شده‌اید. عرض کردم البته ۲۰ بار. ادامه دادند: به نظرم آمده فردی جایگزین شما شود. عرض کردم: به هر حال مدیریت عمر دارد. به خاطر جو سیاسی خاص ۱۳۸۸ تحلیل و تفسیرهایی ممکن بود از کناره‌گیری من از بعثه صورت پذیرد. فرمودند: نمی‌خواهم جابه‌جایی به صورتی باشد که تحلیل‌های نادرستی دربارۀ آن مطرح شود. به همین ترتیب نیز عمل شد.» (ص۸۱۰)