ایشان در ۲۵ شوال سال ۱۴۸ هجری قمری، در ۶۵ سالگی، به دستور منصور دوانیقی، خلیفه ستمگر عباسی، مسموم شدند و به شهادت رسیدند؛ محل دفن امام صادق(ع) قبرستان بقیع در شهر مدینه است.

امام جعفر صادق(ع) به جهت آزادی عملی که در آن زمان بر اثر درگیری امویان و عباسیان به وجود آمد، توانست در حد وسیع‌تری نسبت به امام قبل از خودشان به توسعه فکری مذهب تشیع بپردازد؛ به همین دلیل لقب رئیس مذهب تشیع را به ایشان داده‌اند.

همزمان با سالروز شهادت امام جعفر صادق علیه‌السلام، یکی از سخرانی‌های حجت‌الاسلام و المسلمین علیرضا پناهیان در خصوص شفاعت امام صادق(ع) را برای یکی از مسلمانان زمان ایشان  مشاهده می‌کنید.