پس از تولد امام خمینی (س) در تاریخ بیستم جمادی الثانی سال ۱۳۲۰ هجری قمری، مطابق با یکم مهر ماه سال ۱۲۸۱ هجری شمسی نام ایشان در پشت جلد قرآن چرمی به نام «روح الله» پس از نام نورالدین برادر بزرگتر ایشان ثبت شد.
امام خمینی (س) در دوران حیات خود دو شناسنامه داشتند، که یکی در زمان صدور اولین شناسنامه ها در ایران برایشان صادر شده بود، و دیگری را پس از پیروزی انقلاب اسلامی و با تصویب طرح تغییر شناسنامه ها دریافت کردند.

شناسنامه قدیمی امام خمینی

شناسنامه قدیمی امام خمینی به شماره ۲۷۴۴، در تاریخ ۲۰ بهمن ۱۳۰۴ از حوزه ۲ شهرستان خمین، هم زمان با ۲۳ سالگی ایشان بدون ثبت روز و ماه و به تاریخ ۱۲۷۹ یعنی دو سال بیش از سن واقعی او برایش صادر شد. این امر در آن زمان رایج بود و بسیاری از افراد سنی کمتر از سن شناسنامه ای داشتند، یکی از دلایل آن پیشگیری از وقوع سربازگیری توسط عوامل شاه بود؛ از آنجا که از سال ۱۳۰۴ که شناسنامه صادر می شد زمزمه هایی به گوش می رسید که علت صدور شناسنامه را دریافت مالیات و سربازی اجباری اعلام می کرد و مردم به دلیل فساد و تندخویی قزاق ها تمام تلاش خود را برای پیشگیری از اعزام جوانان به خدمت سربازی به کار می گرفتند، یکی از اقدامات آن ها گرفتن شناسنامه با بیش از سن واقعی برای جوانان بود؛ در ارتباط با ایشان نیز ماموران ثبت از سر لطف این اقدام را انجام دادند، هرچند مجتهدها مطابق با قانون از خدمت سربازی معاف بودند و به این کار نیاز نبود. به همین دلیل تاریخ تولد ثبت شده در شناسنامه قدیمی امام خمینی با تاریخ تولد واقعی ایشان متفاوت است.

نام خانوادگی نیز از روش هایی از جمله محل تولد و زندگی، تالیفات مهم بزرگان، القاب برای صاحب منصبان و ... انتخاب می شد. مطابق با ماده چهارم قانون سجل احوال افرادی که از یک نسل بودند می توانستند نام خانوادگی یکسانی انتخاب کنند، اما ظاهرا لطف‌علی‌خان بختیاری، مأمور اداره سجل احوال، که پس از صدور برگه‌های هویت در محلات، عازم خمین شده بود، این نام خانوادگی را که متناسب با نام پدر خانواده (مصطفی) انتخاب شده بود برای هر سه برادر یعنی سیدمرتضی، سیدنورالدین و سیدروح الله نمی پذیرد، به همین خاطر سیدمرتضی نام خانوادگی خود و برادر کوچکترش را هندی، و نام خانوادگی روح الله را مصطفوی ثبت می کند. که با شروع جنگ جهانی دوم به علت شبهه وابستگی به انگلیس ها نام خانوادگی برادر بزرگتر به «پسندیده» تغییر می کند، اما سیدنورالدین حاضر به تغییر نام خانوادگی خود نمی شود.

سیدروح الله نیز علی رغم این که نام خانوادگی مصطفوی را در شناسنامه خود به ثبت رساند در امضا و معرفی خود از آن استفاده نمی کرد و مانند پدر و پدربزرگ خود نام «موسوی» را به کار می برد، و با افزوده شدن نام شهر محل تولدش به نام روح الله الموسوی الخمینی شهرت یافت. برای کسب اطلاعات بیشتر مقاله جماران درباره پدر و پدربزرگ امام خمینی را مطالعه کنید.

شناسنامه جدید امام خمینی

بعد از پیروزی انقلاب اسلامی ایران مقرر شد که کلیه اتباع ایرانی شناسنامه های خود را تعویض کنند و شناسنامه های جدید با آرم جمهوری اسلامی ایران جایگزین شناسنامه های قدیمی شود. در سال ۱۳۶۶ این قانون به اجرا درآمد و در همان سال حضرت امام خمینی فرم درخواست تعویض شناسنامه را به شرح ذیل تکمیل و امضا کردند:

فرم درخواست تعویض شناسنامه

زمان: ۲۰ اردیبهشت ۱۳۶۶/ ۱۱ رمضان ۱۴۰۷

مکان: تهران، جماران‌

موضوع: تعویض شناسنامه [سازمان ثبت احوال کشور

طرح تعویض شناسنامه‌

شماره و تاریخ تحویل مدارک: ۲۰/ ۲/ ۱۳۶۶

تاریخ تحویل: ۲۳/ ۲/ ۱۳۶۶

شماره مسلسل فیش بانکی: ۱۵۲/ الف/ ۳۴۰۵۰۰

درخواست‌کننده: سید روح اللَّه مصطفوی‌

امضا یا اثر انگشت درخواست‌کننده: روح اللَّه الموسوی الخمینی‌

نام و نام خانوادگی و امضای مأمور: علی اکبر رحمانی‌]

(صحیفه امام، ج‌۲۰، ص: ۲۶۱)

شماره شناسنامه امام خمینی

پس از اجرای قانون صدور شناسنامه در سال ۱۳۰۴ نخستین شناسنامه ایشان با شماره ۲۷۴۴، به ثبت رسید که در سال ۱۳۶۶ با اجرای قانون جایگزینی شناسنامه های جدید ایشان پس از درخواست تعویض، شناسنامه خود را با همان شماره دریافت کردند.