کیهان/ روزنامه تحت مسئولت شریعتمداری در مطلبی مدعی شد شمخانی از مخالفان سرسخت برجام بود.

در قسمتی از یادداشت روزنامه کیهان آمده است:

در ماجرای برجام، او{شمخانی} هر چند در ابتدا (و در کلیت ماجرا) نگاه خوش‌بینانه داشت، اما بعدها به منتقد جدی روند توافق و خسارات آن تبدیل شد و فراتر از آن، در دبیرخانه شورا نقش مؤثری در هماهنگی سه قوه برای تصویب نهایی قانون اقدام متقابل مجلس ایفا کرد.

در ادامه روزنامه کیهان اشاره می کند:

 آقای شمخانی مرداد 1398 در گفت‌وگو با شبکه ان‌بی‌سی‌نیوز گفته است «امضای برجام اشتباه بود؛ ما نباید آن را امضا می‌کردیم. مذاکره با آمریکا بی‌فایده است. ما بیش از این اجازه نداریم که فرصت ملت ایران را صرف روندهای بی‌حاصل کنیم. اروپایی‌ها از ما خواستند از برجام خارج نشویم. ما پذیرفتیم تا به اروپا فرصت بدهیم که نشان دهد توان تصمیم‌گیری مستقل را دارد. اروپا اگر در پرداخت هزینه‌های حفظ برجام مردد است، باید بداند که ایران معطل آنها نخواهد ماند».
او همچنین تأکید کرده بود: «هدف تحریم‌ها، مذاکره نیست بلکه وادار کردن ایران به تسلیم است و مادام که آمریکا این رویکرد را در پیش بگیرد، ایران هرگز به‌دنبال مذاکره نخواهد بود».
این موضع شمخانی در آن زمان با عصبانیت و پرخاشگری محافل غربگرایی روبه‌رو شد که امروز ضمن تحریف واقعیات مسلم،‌ ادعا می‌کند شمخانی چون می‌خواست برجام را احیا کند،‌ برکنار شد! این جریان در کنار روحانی،‌ به‌دنبال مسئولیت‌زدایی از آمریکای عهدشکن و متهم کردن طرف ایرانی است.