مهر/  پس از آن که تلاش ها و مذاکرات مسئولان باشگاه پرسپولیس با گزینه های خارجی به سرانجام نرسید، در توافق مشروط با کریم باقری مقرر شد وی به عنوان سرمربی هدایت سرخپوشان را بر عهده داشته باشد.
 مذاکرات اولیه باشگاه پرسپولیس با سه گزینه خارجی برای سرمربیگری این تیم در ادامه رقابت‌های فصل جاری لیگ برتر و لیگ نخبگان آسیا منجر به عقد قرارداد نهایی با هیچ یک از این گزینه‌ها نشد.
همین موضوع کافی بود تا باشگاه پرسپولیس بار دیگر با اصرار فراوان به کریم باقری از وی بخواهد به کارش به عنوان سرمربی ادامه دهد و او پس از سرباز زدن از پذیرش دائم سرمربیگری این تیم همچنان موقت عهده دار امور فنی سرخپوشان باشد.
باقری که دو بازی پایانی دور رفت پرسپولیس در لیگ بیست و چهارم مقابل خیبر خرم آباد و هوادار تهران را سرمربی بود پس از کسب ۶ امتیاز حاضر به پذیرش اصرارهای مکرر کادر مدیریتی و بازیکنان تیم برای ادامه کار تا پایان فصل نشد.
باقری همچنان هم سرمربی دائمی پرسپولیس نخواهد بود اما به دلیل اینکه سرخ‌ها باید ۲۸ دی ماه مقابل سپاهان اصفهان بازی کنند مجبور است پرسپولیس را هدایت کند تا تکلیف سرمربی مشخص شود.
او به مدیران باشگاه تاکید کرده است به هیچ وجه راضی به پذیرش این پست نخواهد بود و پس از دیدار با سپاهان اصفهان با وجود هر پیشامدی هم هدایت پرسپولیس را عهده دار نخواهد بود.
باشگاه پرسپولیس نیز شروط وی را پذیرفته است تا همچنان دنبال گزینه مطلوب خارجی برای سرمربیگری این تیم باشد.