همچنین عدم مدیریت جلسه در هنگام رأی‌گیری اعضا به گونه‌ای که برای هر یک از دستور جلسه جداگانه رأی‌گیری انجام گیرد و به امضای حاضران اعم از مخالف و موافق برسد نیز از دیگر ایراداتی است که فرمانداری قم طبق قوانین آن را دارای اشکال دانسته است.

شایان ذکر است در نامه‌ای که از سوی امیرعباس بقایی، سرپرست فرمانداری شهرستان قم خطاب به امراللهی، رئیس شورای اسلامی شهر قم و بازگشت به نامه شورا در خصوص مصوبه عدم احراز شرایط سمت شهردار قم صادر شده است، مواد قانونی مربوط به تشکیلات، وظایف و انتخابات شوراهای اسلامی کشور و دستورالعمل‌های موضوعی مربوط به این قوانین توسط هیئت تطبیق مصوبات شهرستان ملاک عمل قرار گرفته است.

یکم اسفندماه نیز اکبر بهنام‌جو، استاندار قم در نامه‌ای به رئیس شورای اسلامی شهر قم بر قانونی بودن ادامه فعالیت سیدمرتضی سقائیان‌نژاد در سمت شهردار قم تاکید کرده بود.

در نامه سرپرست فرمانداری شهرستان قم به امراللهی با عنوان درخواست رفع ابهام و نقص مستندات عدم احراز شرایط سمت شهردار قم آمده است:

عطف به نامه شماره ۹۵۱۶ مورخ ۱۳۰۳/۱۲/۰۱ آن شورای محترم موضوع تصویب عدم احراز شرایط سمت شهردار قم اعلام می‌دارد به دلایل مشروحه ذیل دارای ابهام و نقص مستندات بوده و به استناد ماده ۶ شیوه‌نامه ماده ٩ آیین‌نامه اجرایی ماده ۱٩ قانون تشکیلات: وظایف و انتخابات شوراهای اسلامی کشور مصوب ۱۳۷۵ با اصلاحات بعدی، پس از رفع ابهام و نقص قابلیت رسیدگی خواهد داشت.

۱- طبق ماده ۱۶ قانون تشکیلات؛ وظایف و انتخابات شوراهای اسلامی کشور مصوب ۱۳۷۵ با اصلاحات بعدی، حد نصاب لازم برای رسمیت جلسات شورا حضور دو سوم اعضا می‌باشد؛ لیکن در مستندات پیوستی صرفاً امضای هفت نفر از اعضای شورا در دفتر صورتجلسه و بدون درج در فرم‌های مصوب وزارت کشور ملاحظه می‌گردد.

۲- طبق دستورالعمل نحوه تنظیم صورتجلسات شورای اسلامی شهر و بررسی مصوبات آن توسط هیئت تطبیق مصوبات شهرستان (موضوع نامه شماره ۱۹۱۶۱۰ مورخ ۱۳۹۷/۱۰/۱۷ معاون محترم عمرانی توسعه امور شهری و روستایی وزارت کشور) صورتجلسات شورا باید وفق فرم شماره (۱) این دستورالعمل و به گونه‌ای تنظیم شوند که برای هر یک از موارد دستور جلسه به صورت جداگانه رأی‌گیری شده و سپس توسط اعضای حاضر در جلسه اعم از موافق یا مخالف امضا شود.