شهید باکویی در سال ۱۳۴۵ در روستای کتریم واقع در منطقه دودانگه ساری در خانواده‌ای مذهبی و اهل علم چشم به جهان گشود.

تحصیلات دوره ابتدایی و راهنمایی را در مدرسه زادگاهش و روستای کندلک دودانگه به پایان رساند و سپس برای ادامه تحصیل راهی ساری شد.

دوره دبیرستان را در یکی از دبیرستان‌های شهرستان ساری گذراند و خودش را برای شرکت در آزمون سراسری آماده کرد.

باکویی با شرکت در آزمون سراسری؛ در رشته مکانیک دانشگاه مالک اشتر اصفهان پذیرفته و همزمان بورسیه وزارت دفاع هم شد. وی پس از پایان تحصیلات دوره کارشناسی در مقطع کارشناسی ارشد همان دانشگاه قبول و موفق به دریافت درجه فوق لیسانس شد. این دانشمند مازندرانی بعدها موفق به دریافت مدرک دکترا نیز شد.

شهید باکویی به عنوان فردی اخلاق مدار و با استعداد در میان مردم روستای کتریم محبوب بود و در دوران تحصیل نیز اخلاق مداری را سرلوحه خود قرار می‌داد.

یکی از همکلاسی‌های دوران کودکی شهید باکویی در معرفی شهید دانشمند به ایسنا می‌گوید: برخلاف سایر جوانان که اوقات فراغت خود را خارج از خانه سپری می‌کردند، ایشان همواره سرگرم مطالعه کتب درسی و علمی بود.

معلمان این دانشمند هسته‌ای متوجه استعداد وی در دوران کودکی شدند و همواره مشوق او بودند تا به درجه ی بالایی از علم برسد.

پدرش کشاورزی زحمتکش از منطقه دودانگه ساری در وصف پسر دانشمند خود به ایسنا می‌گوید: پس از شنیدن شهادت فرزندمان، مادر و خواهران او بی تابی زیادی می‌کردند اما بنده به آنها دلداری دادم و گفتم مصلحت خداوند بوده تا فرزندمان به شهادت برسد.

این پدر شهید با اعلام اینکه شهید باکویی ۳۰ سال به ایران و مردم غیور این کشور خدمت کرد، می‌افزاید: خوشا به سعادت فرزندم که شهادت نصیب او شد.

پدر شهید باکویی ادامه می‌دهد: همسر علی باکویی که دختر دایی ایشان بود؛ فردی متدین، محجبه اهل نماز و بسیار با احترام رفتار می‌کرد و همچنین به خانواده و همسرش «علی جان» علاقه‌مند بود و سال‌ها زندگی مسالمت آمیزی داشتند.

او می‌گوید: نوه‌هایم، دختر شهید باکویی دانشجوی دانشگاه شریف تهران و پسر او دانش آموز مقطع متوسطه دوم بودند که به همراه پدر و مادر خود به شهادت رسیدند.

پدر شهید باکویی اظهار می‌کند: فرزند دانشمند من نه تنها در تحصیل و کار، بلکه در کارهای کشاورزی همواره کمک حال ما بود و در بین فرزندانم از همه خوش اخلاق‌تر بود.

این پدر شهید با بیان اینکه ایشان فرزندان خود را همانند خود تربیت کرد، یادآور شد: علی باکویی در طول تحصیلات ابتدایی تا دبیرستان نیز نابغه بود.

قابل ذکر است، شهید باکویی که سال‌ها به عنوان پژوهشگر هسته‌ای، منشا خدمات فراوانی برای کشور و نظام شد، سرانجام در سحرگاه جمعه ۲۳ خرداد ۱۴۰۴ به همراه همسر و دو فرزندش بر اثر جنایات رژیم منحوس صهیونیستی در تهران به درجه رفیع شهادت نائل آمد.