در جهت تبیین چالش‌های ناترازی هدفمندسازی یارانه به موارد ذیل اشاره می شود؛

1.رویکرد دولت‌های مختلف در حوزه سیاستگذاری در قالب تبصره ‌های هدفمندسازی و جداول آن بصورت برآوردی و احتمالی بوده که بدلیل عدم تحقق 100 درصد منابع مندرج در آن و عدم پایبندی شرکت‌های تأمین کننده منابع هدفمندی به بودجه مصوب و اجرای تکالیف قانونی به منظور پرداخت مصارف اجتناب ناپذیر (یارانه نقدی و معیشتی، مستمری کمیته امداد امام خمینی (^ره) ، سازمان بهزیستی کشور، یارانه نان و دارو، حمل و نقل) سازمان هدفمندسازی را مجبور به استقراض می نماید که ادامه این رویه موجب ایجاد آسیب در اقتصاد کشور می گردد. 

2.رویکرد پرداخت یارانه به استناد مادۀ (31) قانون برنامۀ هفتم پیشرفت، جزء (2) بند (الف) تبصرۀ (8) قانون بودجه سال 1403، جزء (2) بند (الف) ماده واحدۀ قانون برخی احکام مربوط به اصلاح ساختار بودجه کل کشور، بند (هـ) تبصرۀ (19) قانون بودجه سال 1401، بند (ز) تبصرۀ (19) قانون بودجه سال 1402 کل کشور باید بصورت پرداخت به ذینفع نهایی باشد و استثناء برخی دستگاهها و مسکوت نمودن آن از جمله کمیته امداد امام خمینی^(ره) صحیح نمی باشد.

4.موظف شدن بانک مرکزی ج.ا.ا بر اساس جزء (8) بند (الف)، بند (ب) و بند (ت) تبصرۀ (8) قانون بودجه سال 1403 کل کشور به تهیه گزارش‌های تفصیلی به کمیسیون برنامه و بودجه و محاسبات و معاونت نظارت مجلس شورای اسلامی که می‌تواند برای سال‌های آتی جهت تصمیم‌گیری و تحقق صد در صدی منابع هدفمندسازی حائز اهمیت باشد.

پرداخت 758 هزار میلیارد تومان یارانه به 80 میلیون نفر

5. رویکرد سیاستگذاری برای تکالیف سازمان هدفمندسازی یارانه‌ها در قانون هدفمندکردن یارانه‌ها در اجرا این دستگاه را به یک حساب دریافت و پرداخت تبدیل کرده است که ضروری است با اصلاح سیاست‌های اجرایی این سازمان به سازمانی کنشگرایانه تبدیل گردد تا بتواند در کمک به اقشار آسیب پذیر جامعه هدف و مدیریت توزیع یارانه به آخرین زنجیره راهگشا باشد. پرداخت ماهیانه  یارانه حمایتی به 80.264.480  نفر در دهک های درآمدی  مختلف و پرداخت سایر مصارف اجتناب ناپذیر بار مالی  758.8 هزارمیلیارد تومان در سال را به دولت تحمیل نموده است که با وجود تحریم های اقتصادی، عدم اصلاح الگوی مصرف کنونی و عدم اجرای آزمون وسع سنجی دقیق و واگذاری وظیفه شناسایی و حذف گروه‌های پردرآمد به دستگاه اجرایی دیگر، این امر مهم را از سال 1393 تا کنون بدون نتیجه گذاشته و وزارت تعاون، کار و رفاه اجتماعی در شناسایی و حذف ناکام بوده است. عدم انجام تکلیف مذکور باعث هدر رفت منابع هدفمندی و تورمی تر شدن هر ساله اقتصاد کشور شده است. در نتیجه ضرورت دارد به منظور نظارت بر نحوه اجرای حذف خانوارهای پردرآمد، نظارت بر مدیریت مصرف منابع هدفمندی در بخش یارانه‌های مستقیم (خانوار)، نظارت بر صحت و سقم اطلاعات اقتصادی خانوار، ثبت نام یارانه نقدی و معیشتی، تعیین مشمولین برخورداری از حمایت‌ها و یارانه‌های غیرنقدی کلیه افراد واجدشرایط، شناسایی و حذف خانوارها (گروه‌های) پردرآمد از فهرست یارانه‌بگیران، مدیریت و نظارت بر حمایت و پرداخت مستمری مددجویان دستگاه‌های حمایتی، یارانه سلامت و دارو و همچنین یارانه نان و نظارت و مدیریت بر حسن اجرای تکالیف قانونی مندرج در ماده (7) قانون هدفمندکردن یارانه‌ها و استقرار نظام جامع تأمین اجتماعی بر پایه یارانه خانوار، دستگاه‌های اجرایی موضوع ماده (5) قانون مدیریت خدمات کشوری و ماده (1) قانون برنامۀ هفتم پیشرفت مکلف گردند پایگاه‌های داده و اطلاعات ثبتی خود را بر اساس اقلام آماری مورد نیاز به صورت برخط در اختیار سازمان هدفمندسازی یارانه‌ها قرار دهند.

6.نامشخص بودن یک نقشه راه توسط تیم های اقتصادی که برگرفته از سیاستهای اقتصادی نادرست و اصرار به آزمون و خطا برای پرداخت یارانه به قشر تولیدی و زنجیره واسط یا شبکه های توزیع و خدماتی و یا اصرار به نقدی یا غیر نقدی نمودن یارانه ها که همه موارد تاکنون موجب تحمیل هزینه‌های گزاف به دولتها شده است.

7. در اجرای قانون تضمین خرید محصولات اساسی کشاورزی مصوب21/06/1368 با اصلاحات و الحاقات بعدی آن و به منظور حمایت از تولیدات داخلی، حفظ امنیت غذایی کشور، تأمین نقدینگی لازم برای خرید گندم و پرداخت به موقع بهای گندم خریداری شده به کشاورزان، سازمان برنامه و بودجه کشور اعتبار مورد نیاز برای خرید گندم مازاد بر نیاز صنف و صنعت تولیدی کشاورزان داخل کشور را تأمین نموده و خرید گندم  به قیمت نهائی مصوب شورای قیمتگذاری و اتخاذ سیاستهای حمایتی محصولات اساسی کشاورزی از محل اعتبارات و ظرفیت‌های این تبصره بدون لحاظ تسهیلات تکلیفی بانکی به طور کامل تخصیص و پرداخت گردید.